企業が、未払いであった過年分の残業代を「一時金(精算金)」として支給した場合は賞与を支給した場合と同様に、当期に支給することが確定した給与等に該当します。ただし従業員においては、支給を受けた年分の給与が増大することから所得税やその翌年度分の住民税に影響します。
一方、実労働時間に基づき「過年分の給与」として支給した場合、「本来支給すべきであった支給日の属するそれぞれの年分の給与所得」となります。この場合源泉徴収義務者は、過年分の年末調整計算をやり直し、源泉徴収票の出し直しや給与支払報告書の再提出が必要になります。納付不足税額は支給の翌月１０日までに納付します。
法人税の取扱いは、支給した期の費用として損金算入されます。また、社会保険料の過不足は賞与を支給した場合と同様に処理することが一般的です。